Mise au point d’un automate et d’une méthode d’analyse d’images pour le suivi de cinétiques d’infection par un champignon pathogène foliaire

Auteur(s)

Bénédicte FABRE¹, Pierre SANTERRE FILLEUX D’ARRENTIERE¹, Christophe BAILLY¹, Jérôme DEMAISON², Jérémy PETROWSKI¹, Fabien HALKETT¹

Résumé

Progresser dans notre compréhension des interactions plantes-pathogènes nécessite de pouvoir quantifier finement les caractères liés aux processus infectieux. Parmi ces caractères, le temps de latence revêt une importance particulière ; mais la latence est souvent mal déterminée, car sa mesure repose sur des observations visuelles imprécises et trop peu fréquentes. Pour pallier ces défauts, nous avons mis au point un automate permettant de suivre l’infection et la croissance des lésions par prise de photographies zénithales, en conditions contrôlées. Une chaîne d’analyse d’images codée sous ImageJ et R permet d’identifier les lésions et estimer leur croissance. Cette méthode permet de suivre individuellement chaque lésion et de quantifier trois caractères liés au potentiel infectieux : l’efficacité d’infection, la taille des lésions et le temps de latence. Cette méthode a été développée pour suivre les infections causées par un champignon biotrophe responsable de la rouille du peuplier, Melampsora larici-populina, sur un dispositif miniaturisé de boîtes à puits (suivi simultané de 1 536 échantillons). Notre méthode peut être facilement adaptée à un contexte varié de situations, y compris un suivi de croissance de champignons en boîtes de Petri.

Mots clés

Automate de prise de photographies, traitement d’images, caractère d’agressivité, latence

1. Université de Lorraine, INRAE, UMR 1136 Interactions Arbres-Microorganismes, F-54280 Champenoux, France.
2. INRAE, UR Biogéochimie des écosystèmes forestiers, F-54280 Champenoux, France.